合同效力审查系对案件基本事实的确定，因此在涉及“阴阳合同”的案件中，即使当事企业在诉讼中没有提出合同效力的诉辩主张，人民法院发现存在“阴阳合同”的情形的，也会依职权主动审查相应合同内容的效力，认定以虚假的意思表示实施的民事法律行为无效，并重新对于各方当事人之间的实质法律关系进行界定，最终按照真实的交易目的及性质对案件进行判决。
例如，在（2020）最高法民终682号案件中，虽然原告仅要求确认《合伙协议》无效，但最高人民法院在审理案件的过程中并未只局限于对于上述协议的审查，而是穿透审理资金来源、回购安排等一系列协议，并通过对比不同协议的约定内容，发现当事人签订《合伙协议》的真实意思表示并非成为合伙人、分享合伙企业收益、承担合伙企业风险，而是以设立合伙企业的同时转让合伙财产份额并收取固定溢价款的形式变相实现还本付息的借贷目的。最高人民法院通过抓住这一不合理之处，最终确定交易各方的真实意思表示，认定案涉《合伙协议》无效。
根据《民法典》第一百四十六条第一款的规定，以虚假的意思表示实施的民事法律行为无效。对于“阳合同”中不是当事人真实意思表示的条款，所指向的法律效果并非双方当事人的内心真意，双方对此相互知晓；如果认定其为有效，有悖于意思自治原则，故应当认定其无效。
善意第三人对“阳合同”的效力存在异议的，并不会影响“阳合同”无效的法律效力，对善意第三人提供救济的途径主要包括动产善意取得、不动产登记公信力、表见代理、债权表见让与等。
例如，甲乙两企业之间签订买卖合同并交付了货物，但甲乙又另行签订借款合同，约定甲向乙借款，并将货物质押在乙处作为担保，乙实际占有标的物，乙后将货物转卖并交付给善意第三人丙。甲乙之间的买卖合同因虚假的意思表示绝对无效。乙丙之间的买卖合同是有效的合同，但丙不能主张甲乙之间的买卖合同对善意第三人有效，丙不能依据其与乙之间的买卖合同取得货物所有权。乙将货物出卖并交付给丙构成无权处分，此批货物的物权变动效力待定，丙可以基于善意取得制度取得货物所有权。
