此时的曾国藩被石达开困在江西南昌动弹不得。1856年，太平天国内部发生了天京之变，严重影响了太平军的战斗力，曾国藩这才死里逃生。
此时的曾国藩已是清军“围剿”太平军的主力，咸丰帝不得不继续重用。1860年，曾国藩正式出任当时清朝八大地方总督之一的两江总督。两江是指江苏、安徽、江西三省，夹在中原、闽浙、湖广之间。在此之前，两江总督驻地南京，但南京此时还在太平军手上，曾国藩暂时还不能去南京赴任。
到了1861年，曾国藩攻下了长江边上的安徽省会安庆。安庆是南京长江以西最近的省会，湘军可以在安庆整合各种资源，然后顺江而下，对太平天国在南京摇摇欲坠的统治给予最后一击。所以，曾国藩把安庆当成自己平定太平军的前线指挥部。
1864年初，清军攻下了南京，太平天国运动失败，而曾国藩的“声望”达到了顶点。
