三年后的1868年，曾国藩出任清朝地方总督之首的直隶总督。直隶辖区包括现在的京津、河北省全部、内蒙古中南部、辽宁西部，以及河南省东北省及山东省西南部的东明县。清朝定都于京师北依燕山，西接太行，东以辽西走廊接老家奉天，南接中原。直隶是保护京师的第一屏障，省会放在京师南边不远的保定府。清廷把曾国藩安排在直隶，有一层就近控制的深意，这一点，曾国藩与慈禧都心知肚知，不明说而已。
在任直隶总督两年间，曾国藩在调离之前去了趟天津，处理著名的天津教案。因为处理结果太偏向洋人，曾国藩被人痛骂，也不想在直隶任上呆下去了，又回到了南京任两江总督。
曾国藩回到两江，有一个重要原因，就是处理前两江总督马新贻被刺*一案。
此时的曾国藩已经62岁了，半生戎马，又要和朝廷、地方各派勾心半角，身体很快就垮了。同治十一年，也就是1872年的3月，“立功立德立言三不朽”的曾国藩于南京两江总督府去世。曾国藩死后，棺材拉回了长沙。
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