S6线亦庄至顺义段大致设站
关于线路的设计时速，目前官方公示的《轨道交通S6线（新城联络线）一期工程可行性研究及配套专题研究招标公告》已有部分信息透露：
新城联络线由于要兼顾城际铁路功能，设计速度目标值为200km/h。在京津冀交通一体化的大背景下，未来市域快线在兼顾城际铁路功能的情况下，速度目标值宜由160km/h提升至200km/h。
S6线的轨道和土建强度按照200km/h进行建设，参考S6线的站间距，列车实际运营时速应以160km/h为目标，与大兴机场线和22号线（平谷线）相同。未来北京将逐步区分普线和快线地铁，发展地铁快线是今后的重点方向。很多人一直疑问S6线究竟是铁路还是地铁，S6线明确是地铁线路，同时也是一条全新的区域快线。
3、 三期开工的部分
由于新城联络线的特殊价值，早在10年前北京就有启动建设意愿，历届房山区政府也在尽力争取S6线落地建设。之所以S6线拖到了三期建设，主要还是资金的制约。即便仅建设大兴新城至T3航站楼区间，线路长度已经达到了64公里，超过10号线成为北京最长的地铁线路。超长的里程免不了巨额的投资，线路早期的紧迫性也不高，这种落差导致北京迟迟不能下定决心建设S6线。
目前北京轨道交通第三期建设规划已经获批，S6线仅建设大兴新城站至T3航站楼站区间，大兴黄村段、顺义段和房山段暂不实施。这个结果让不少房山人感到失望，但已经是目前能做到的最大限度。受资金限制北京地铁三期规划只能建设约250公里的线路，其中还要照顾城区的薄弱位置并大力发展穿城快线，如此一来留给S6线的指标已经不多。最直观的体现是S6线已经到达大兴机场线和首都机场，却放弃了联通咫尺之遥的大兴黄村和顺义。
橙色部分是目前公示的三期规划S6线建设范围（大兴新城站-T3航站楼站）
极简化的S6线主要有两个价值，一方面是通过轨道交通联通两大机场，另一方面是改善副中心的对外交通条件，以便日后能够更好的辐射带动周边平原新城。从这个角度来看，S6线不仅是新城联络线，也是副中心放射线。
4、 房山段的分析、与乐高乐园的关系
虽然三期规划中S6线并未到达房山区，不过我们可以大致了解一下这条线路的方案和前景。黄村火车站到良乡可以选择三种路线，其中规划推荐广阳城-良乡火车站方案。
广阳城方案利用黄良铁路走廊，可以选择地面线铺设节省成本，同时躲开了棘手的拆迁问题，是个经济实惠的选择，同时本方案到达良乡火车站f方便照顾良乡老城区和副中心线的乘客。缺点是线型不好、线路曲折，不利于提升旅行速度。此外房山线广阳城站与黄良铁路距离在500米以上，导致房山线与S6线的换乘距离过于遥远。广阳城方案可以对线路适当进行微调，缩短与房山线的换乘距离。
广阳城方案换乘距离太长，可以选择微调线位
方案二大学城北线部分利用黄良铁路走廊，跨过永定河后至长阳镇境内改线，从朱岗子村南侧穿过，跨过小清河沿良乡东路至终点良乡大学城北站。该线位相比推荐方案顺直，距离良乡重点功能区大学城更近，同时与良乡东路-京雄高速立交配合将大幅改善大学城地区的对外通达条件。缺点是小清河以西需要采用地下线铺设，造价明显提高。
方案三大学城线采用完全新建的策略，线路出黄村火车站后向西径直延长，于阎仙垡村南侧穿过，跨过小清河后沿长虹东路至终点良乡大学城站。该方案相比方案二更加顺直，良乡大学城站至黄村火车站可实现9-10分钟迅速通达，半小时左右即可抵达大兴机场或环球影城。不过该路线在大兴境内会面临拆迁问题，房山段小清河以西也需要采用地下线或高架线铺设，虽然旅行速度最快，但总体成本也是最高的。
