然而，在目前实验室条件下，无法诱导无性孢子稳定产生和有效萌发，这些情况不利于羊肚菌遗传育种工作的深入开展。
植物原生质体技术在食药用菌遗传育种中的应用显示出独特优势。
如实验室易于操作、试验周期短、不受子实体栽培季节限制、可以进行单交配型菌株或单核体的快速分离、诱变、杂交及细胞融合等。
利用原生质体技术分离交配型及单核体的分析研究，在担子菌类食药用菌中研究较多。
如应用原生质体单核化技术分别分离到香菇（Lentinus edodes）、大球盖菇（Stropharia rugosoannulata）、斑玉蕈（Hypsizygus marmoreus）、金针菇（Flammulina velutipes）、猴头菇（Hericium erinaceus）等不同食药用菌的单交配型菌株。
并开展了不同交配型单核体的生理生化差异性、遗传诱变和杂交育种等分析研究；
而子囊菌类食药用菌中利用原生质体技术进行交配型及同核体分离的研究报道较少，刘伟等利用原生质体单细胞技术可分离到梯棱羊肚菌。
