然而，历史在继续，取经之路再一次开启。女妖精春十三娘（蜘蛛精）与白晶晶（白骨精）来到至尊宝的山寨，要找一个脚上有三颗痣的人。春十三娘与白晶晶从菩提老祖那里得知天机，这个脚上有三颗痣的人就是孙悟空的转世，找到他即可找到唐僧。
第一层故事（“五百年前”）的人物，逐渐来到第二层故事中：白晶晶曾经和孙悟空订立婚约，尽管孙悟空毁约，但一直痴情难忘；白晶晶和春十三娘是盘丝大仙的座下弟子，而盘丝大仙是紫霞仙子的法号，第一层故事中的孙悟空和紫霞仙子还没有情缘，相反为抢夺月光宝盒将紫霞仙子打成重伤；牛魔王在第一层故事中没有吃到唐僧肉，夫人还与孙悟空有了私情，这五百年来他带着对于孙悟空的怨气，等待着唐僧再次出现。
在第二层故事中，为了救白晶晶，至尊宝使用了月光宝盒，借助月光宝盒穿越时空。
对于《大话西游》，月光宝盒既是重要的道具，也是重要的意象：月光宝盒正面刻着“时光倒流回到未来”，侧面刻着“摩诃般若波罗蜜”。在《大话西游》中，月光宝盒的意义，首先是叙述功能上的，支撑起电影时光穿越的情节架构与多层叙述。
《大话西游》可以依照月光宝盒的三次出现，区分为以下四段“五百年前/五百年后/五百年前/五百年后”，分别对应第一层/第二层/第三层/第四层故事；其次是意义指向的，二十年来的《大话西游》研究都忽视了一点：月光宝盒暗含着对于《般若波罗蜜多心经》的互文关系，而这构成了电影的深层线索，在第三层故事中，笔者将详细分析这一点，此处不赘。
借助月光宝盒，至尊宝使得“时光倒流”，在白晶晶因误会他负心而自*前赶到。但当白晶晶、春十三娘与牛魔王鏖战时，至尊宝再次使用月光宝盒，却没有“时光倒流”，而是“回到未来”。他穿越回了五百年前，也即第一层故事发生的时间。
为什么月光宝盒刻着一句“时光倒流”还不够，还刻着“回到未来”这样明显悖论的表达？“未来”岂能“回到”？这里涉及到理解月光宝盒乃至于理解《大话西游》一个关键点：“五百年前”与“五百年后”不能以线性的时间观来理解。
《大话西游》的四层故事，“五百年前/五百年后/五百年前/五百年后”，统一于神的意志，是神意试炼孙悟空的四个阶段。在《大话西游》的第一层故事里，倘若从观音的视角出发，整部电影可以被读成孙悟空的规训，时间的前后轮转，不过是试炼的不同阶段。不要忘了，神不是生存在线性时间中的，神在时间之外。故而，第三层故事的“五百年前”，是第二层故事“五百年后”的下一个阶段。
第三层故事：爱与命运撕裂的孙悟空
第三层故事对应着《大话西游》下部《仙履奇缘》，是《大话西游》全片的精华所在。在《大话西游》中，其实埋伏着两条规训叛逆者的线索：一条线索是孙悟空，另一条是紫霞。
第三层故事开场，是以紫霞仙子的视点展开的，她拒绝在如来佛祖的神灯里做灯芯，逃到了人间世界。电影开场，就是神界的二郎神与南天门四大天将对于紫霞的追*，结果以紫霞大胜告终。
两条叛徒的线索，交叉在五百年前的水帘洞前。在第二层故事结尾，至尊宝最后一次穿梭时间，回到未来，来到五百年前，遇见过路的紫霞。在这个场景中，要注意到伴随着时间的颠倒，附着于时间之上的因果律也在崩塌：至尊宝带着五百年后的知识，告诉紫霞“盘丝洞不要乱闯”，这反而启发紫霞将水帘洞命名为盘丝洞，自命为盘丝大仙。
