这不再是一个必然的世界，而是充满着偶然性，这种偶然性又是人所无法把握的，一种令人感到渺小的荒诞感开始弥散，种种偶然之上，是人所无法触及的神的意志。紫霞“自由”地在至尊宝脚底烧出三颗痣，但这偶然的举动，却是基于紫霞所无法觉察的神的意志；至尊宝拔出了紫霞的紫青宝剑，紫霞惊喜地发现他就是自己冥冥中等待的爱人，但这一段姻缘，又焉知不是神的冷酷安排。
随即，至尊宝与孙悟空遭遇，这是全片中唯一的一次并置，至尊宝作为旁观者，目睹了第一层故事。这四分钟的故事，第二次在电影中出现。然而，这次“重播”发生了改动：观音同样无法忍受唐僧的唠叨，和孙悟空同时掐住了唐僧的脖子。
至尊宝在第一层故事中的出现也结束了这层故事，唐僧的九环锡杖从空中落下，不再是第一层故事里的成全唐僧舍生取义，而是砸在了至尊宝头上。至尊宝晕倒在地，手中的月光宝盒开启，将唐僧卷入到时空深处。以这个情节为切割线，之后的“五百年前”，和第一层故事中的“五百年前”全然不同，历史被至尊宝改变。
至尊宝与紫霞在牛魔王的府邸相遇，牛魔王在沙漠中救起了被孙悟空打成重伤的紫霞，爱恋紫霞的美貌，要和她成亲；同时催促着至尊宝尽快与妹妹香香完婚。在这样一个时刻，至尊宝挂念的依然是月光宝盒。在这一层故事里，月光宝盒先后经历了至尊宝—紫霞—孙悟空—至尊宝—唐僧的传递，落到了牛魔王手中。
月光宝盒对于至尊宝之所以重要，在于可以让他回到五百年后，去救自己的爱人白晶晶。故而，当一往情深的紫霞拔剑怒指至尊宝时，至尊宝那段经典独白第一次响起，但却不过是欺骗紫霞的：
如果上天能够给我一个再来一次的机会，我会对那个女孩子说三个字：我爱你！如果非要在这份爱上加一个期限，我希望是……一万年！
然而，当这段独白第二次响起的时候，至尊宝已经真正爱上了紫霞，同时意识到作为孙悟空命运的承担者，他的爱之不可能，他必须在命运与爱之间做一次决断。
在此之前，至尊宝的一切努力都失败了，他联合紫霞去偷月光宝盒，但紫霞被嫉妒的香香刺伤，至尊宝自己则被八戒与沙僧拐去牢里见唐僧。至尊宝一行带着受伤的紫霞逃跑，牛魔王现身，将紫霞、唐僧、八戒等抓了回去，至尊宝自己则落下悬崖，被五百年前的菩提老祖转世“强盗大哥”所救。恍惚之中，至尊宝带着强盗大哥回到了水帘洞/盘丝洞，遇见了五百年前的白晶晶。
至尊宝陷入到爱的抉择之中，他不清楚自己是更爱白晶晶，还是更爱紫霞。对于至尊宝，对于白晶晶与紫霞，都必须穿越色相，认识自己的“心”。当至尊宝初遇白晶晶时，他还不懂得这个道理，执迷于各种打扮来吸引白晶晶。而紫霞与白晶晶在这层故事中先后施用法术钻进至尊宝的心里，紫霞面对至尊宝的“心”，发现至尊宝爱的是白晶晶，她留下了一滴眼泪；白晶晶面对至尊宝的“心”，发现至尊宝此时最爱的已经是紫霞，她发现了紫霞的眼泪，选择悄然离开。迷茫中的至尊宝，决意请五百年前的春十三娘，一剑挖出自己的心，他要确认自己的爱。
这无疑是《大话西游》的关节点之一，被春十三娘所*后，至尊宝豁然顿悟。在选择戴上紧箍咒成为孙悟空之前，他与观音有一段对话：
至尊宝：观音大士，我开始明白你说的话了，以前我看事物，是用肉眼去看，但是在我死去的那一刹那，我开始用心眼去看这个世界。所有的事物，真的可以看得前所未有的那么清楚。原来那个女孩子，在我的心里面留下了一滴眼泪，我完全可以感受到她当时是多么的伤心。
观音：尘世间的事，你不再留恋了吗？
至尊宝：没关系啦，生亦何哀，死亦何苦。
细读这段对话，至尊宝因“死”而破“色”，抛弃皮囊，进入“心”的世界。他大概还记得月光宝盒的咒语：般若波罗蜜。“般若”意味智慧，“波罗蜜”意味“到彼岸”。
月光宝盒在某种程度上其实空无一物（月光宝盒作为物件是一个无始无终的轮回，至尊宝从五百年前的紫霞那里得到的月光宝盒，却是五百年后的自己带给紫霞的），所谓时光穿梭，所谓“五百年前/五百年后”的分别，不过是种种色相，迷乱本心。至尊宝只有觉悟了“空”，才能真正成为“孙悟空”，照见五蕴皆空，度一切苦厄。
和《西游记》相似，《大话西游》也以《般若波罗蜜多心经》为潜文本。不过，《西游记》重在收拾“心猿”的修心，孙悟空在很多时候比唐僧还“啰嗦”，多次提醒着唐僧勿忘《心经》；《大话西游》则更为虚空，生死、神魔、前世今生，以心观之，心无挂碍。
色即是空，成为或不成为孙悟空，又有什么分别？然而，对于顿悟后的“空空如也”，至尊宝与观音都不自觉地要注入意义。至尊宝齐生死，以“心眼”看世界，但第一眼看到的，依然是紫霞在心里留下的眼泪。
