神奇宝贝一直都是以热血中透着温暖、积极向上为主基调的，很少有对死亡有太多描写，因此即使主角和反派被皮卡丘的十万伏特攻击到也不会怎样，而神奇宝贝之间的决斗也都是点到为止，失去战斗能力也只是受伤的程度而已。对神奇宝贝如此，对训练家更是如此，但在小智一行人的一次冒险，差点将小命也给搭进去，这次是真正遭遇了生死危机，甚至可以说是已经死过一次了，到底是怎么回事呢？
故事发生在剧场版《梦幻与波导的勇者路卡利欧》当中，小智一行人在冒险的途中来到了一个古老的城市，这里正在举办波导的勇者亚朗的祭典，每年获得城中神奇宝贝比赛冠军的那个人会获得波导的勇者称号，于是小智弄了一套勇者的行头，一路披荆斩棘在决赛中使用皮卡丘打败了玛狃拉，获得了冠军，还参加了加冕的典礼。
虽然小智他们只是打算参加典礼后隔天就离开，结果小智在会场上听到了一个神秘的声音，紧接着勇者亚朗的神奇宝贝路卡利欧从久远的过去穿越了过来，还感触到小智身上有波导的力量，被当成是将它封印起来的亚朗大人。将一切解释清楚之后，却发生了另一个意外，小智的皮卡丘被突然出现的梦幻带到了世界初始之树中，能使用波导之力的路卡利欧被女王摆脱帮忙寻找，于是一行人便出发了。
在路途中，小智向大家讲述了自己和皮卡丘从一开始不和到后来互相信任的过去，但因为还没有搞清过去的真相，路卡利欧觉得人类是不值得信任的，并表示皮卡丘会因为小智的愚蠢而逃跑。听完这番话怒气正盛的小智上来就冲着路卡利欧扑了上去，但是除了武藏手撕饭匙蛇那样神奇的存在，人类哪能打得过神奇宝贝，果不其然小智不出几回合就被撂倒了。
