在经过了作为缓冲的3个月的原创篇章之后，TV版动画于2003年2月进入空岛篇。一个月后，由宇田钢之介亲自执导的首部长篇剧场版《死亡尽头的冒险》上映，并以浓厚的海贼风格赢得了一致好评。
在空岛篇中，草帽一伙乘着惊天巨浪，无视风雨、一路无畏地前行，而他们所踏上的土地则记录着400年前两个男子汉之间的约定——这便是冒险的魅力，这便是《海贼王》的浪漫。当路飞敲响那黄金大钟，那嘹亮而悠长的钟声曾响彻了整个世界。
路飞一行人从空岛降落后，误闯入名为“G8支部”的海军基地，草帽团与海军的斗智斗勇就此展开。G8海军要塞篇动画的原创篇章，并源自于剧场版的废案。虽然G8海军要塞篇并非出自原作，却以精彩的故事情节赢得了广泛的好评。多年之后，原作漫画中引入了“G5支部”，可见这一原创篇章对原作者尾田荣一郎也产生了影响。
G8海军要塞篇于2004年10月结束，而《海贼王》动画也从同年10月31日播出的第207话开始采用16:9高清化制作。这也是富士电视台首部采用高清化制作的动画作品。伴随着动画画面尺寸的变化，前、后半集的过场动画也焕然一新。不过高清电视在当时并未普及，因此仍然有大量家庭收看到的是两侧被剪切掉的4:3版本。
2005-2009
在经过了长链岛篇与改编自游戏《海贼王：梦想海洋》的失忆篇后，包括七水之都篇在内的司法岛篇于2005年4月正式开播。而同年12月18日，1小时年末特别篇《草帽小子路飞捕头传》作为番外在黄金时间段播出。《捕头传》是世界观完全架空的时代剧风格的中篇故事，此后在TV版动画中也陆续播出了多集续集。
司法岛篇被很多海迷视为“三大篇章”的巅峰，其中产生了有无数荡气回肠的故事：船长一声令下，狙击王烧毁了代表着世界政府的旗帜；为了伙伴，草帽一伙选择向全世界宣战；面对伙伴们真情的呼唤，罗宾再也抑制不住内心的渴望：“我想活下去，请把我一起带往大海吧！”
然而，随着时间进入到2006年下半年，《海贼王》动画背后的隐忧也逐渐浮出水面。从2006年10月起，TV版动画从黄金时间段撤退，并被移动到周日上午时段播放。于此同时，片尾曲也随着档期的移动被取消。
档期的移动对《海贼王》动画是一个很大的打击，伴随而来的连锁效应也带来了很多遗憾。TV版动画第一任导演宇田钢之介正是随着档期的移动正式离开《海贼王》动画，并由执导过多集经典集数的单集导演境宗久接任。不过，《海贼王》动画在境宗久的带领之下快速地重振旗鼓，司法岛篇也随着路飞与罗布·路奇的最终决战和草帽团与前进梅利号的离别达到了最高潮。随着《Dear Friends》的前奏响起，天空中飘下白雪，草帽团就在这朦胧之雪中送别了一路陪伴他们的梅利号……
在路飞和他的伙伴们乘着新船桑尼号离开七水之都后，《海贼王》动画于2007年末进入了旗帜猎人篇，这也是TV版动画最后一个长度达到三个月的原创篇章。随后为了对下一部剧场预热，以乔巴为主场的番外《乔巴超人》播出。在这一集世界观完全架空的番外中，乔巴化身成为了正义超人，而乌索普则成为了邪恶的乌索达巴达博士，为观众带来了半个小时的欢乐闹剧。
