沈万三还带来了农商并重的先进意识，为当地带来先进的商业观念的同时，也带来了许多与商业相关的理念。
为了纪念在贵州创下功绩的沈万三，贵州省福泉市福泉山为沈万三修建了壮观的“万三陵”，以供后人瞻仰。
洪武十四年，朱元璋命傅友德、蓝玉、沐英率军征南征，梁王全军覆没，云南全境平定后，沈万三于是携妻带子进入昆明。此后，有关他的记载便很少了。有人认为，到云南后没过几年，沈万三就去世了。
沈万三虽然被贬边陲，但朱元璋对他还是不放心，一直欲除之而后快。特别是马皇后死后，再也没有人为沈万三求情说话了，沈家的噩运不可避免地降临了。
沈万三有个女婿名叫顾学文，与一位姓梁的女人长期私通。梁氏的公公陈某非常恼怒，于洪武二十六年春诬告顾学文，说他与梁国公蓝玉谋反案有关，“通蓝谋逆。”
朱元璋乘机逮捕了顾学文，并将其父、其弟以及妻族沈家的三个儿子全部下狱，并株连了沈家的亲朋好友上百家，近千人被*，沈万三留在江南的亲属几乎一网打尽，沈万三家族从此遭到毁灭性打击。
朱元璋为什么一定要对沈家人赶尽*绝呢？主要是因为朱元璋出身贫寒，生活俭朴，他清醒地认识到骄奢淫逸能亡国害身，遂力倡俭朴，并身体力行。
但沈家生活奢侈，显然有悖于明太祖提倡节俭的意图，与朱元璋竭力倡导的淳朴社会风气相左，且在社会上造成极为恶劣的影响。因此，沈家被清算当在情理之中。
沈家自己也有个别成员行为不检点，也是他们招致灾祸的重要原因。沈万三女婿陆仲和在沈万三发配后，本该敛迹以避祸，但他却仍非常张扬，修"亭台池囿，辉耀桑梓。建球柳、饮马二桥，造帐子廊，有南北二马路"，最终"以逾制为太祖抄没，其子弟诛夷殆尽"。
沈万三的孙子沈文度重金巴结锦衣卫都指挥佥事纪纲，大肆抢夺民财，也干了不少害民之事。因此沈家家破人亡便不足为奇了。
2000年5月，江苏省广播电视总台“寻踪明朝南京遗民暨沈万三背影”大型文化专题片摄制组，开始对沈万三后人的寻踪采访。
