朱元璋死后，本来是把皇位传给孙子朱允文的，但燕王朱棣却发动了“靖难之役”，以武力夺得了皇位。他上任后，为了巩固政权，建立了一个由宦官掌领的侦缉机构——东厂。
最开始的时候，东厂和锦衣卫有着明确的分区，东区负责侦缉、抓人，而锦衣卫负责审讯犯人，两个机构分工明确，井水不犯河水。然而，随着时间的推移，到了后来东厂便拥有了自己的监狱，并拥有了听审权（朝廷会审大案、锦衣卫北镇抚司拷问重犯，东厂都要派人听审）、监督权（朝廷的各个衙门都有东厂人员坐班，监视官员们的一举一动）、调控权（一些重要衙门的文件，如兵部的各种边报、塘报，东厂都要派人查看）、侦缉权（侦缉范围可以到全国）、举报权（一旦获得的“重要”情报，可以直接向皇帝报告）
如此一来，东厂和锦衣卫由平级关系逐演变成了上下级关系，到后来锦衣卫指挥使见了东厂厂主都要下跪叩头，以示尊敬。
然而，东厂的好日子并没有一直延续下去，很快就一个组织盖过了他的风头。原来明宪宗成化年间，先是京城内出现了“妖狐夜出”的神秘案件，接著又有一个妖道李子龙用旁门左道蛊惑人心，甚至网罗了很多太监，意图不轨。虽然李子龙和他的党徒最终被锦衣卫一网打尽，但明宪宗却是一朝被蛇咬，十年怕井绳，不久，他便完成了自己的创新，建立了一个新的恐怖组织——西厂。
