另一方面，康熙早年的学习，就是在一个崇尚理学的环境中开始的。当时较有地位的汉大臣，有不少是所谓的理学家，如魏裔介、魏象枢、熊赐履等。他们在清除清朝初期权臣鳌拜的过程中，对康熙多少都有过帮助，康熙对他们的意见也就比较尊重。特别是开经筵与日讲后，讲官与起居注官中更是不乏理学家。
康熙在这些理学家的指授之下，很快就认识到程朱理学对他进行统治的重要性，特别是《朱子全书》：“朱子集大成而继千百年绝传之学，开愚蒙而立亿万世一定之规。”
为了倡导理学，康熙提出“朕以为孔孟之后，有裨斯文者，朱子之功最为宏钜”。他又命儒臣重新补订明朝永乐时期编的《性理大全》，并亲自作序，希望民众通过学习理学，体会帝王行政施善的苦心，从而保持长久稳定的统治局面。
接着康熙又命熊赐履、李光地等编纂了《朱子全书》、《性理精义》，推荐给天下儒生学习。这样，为康熙所大力表彰的程朱理学就成了清朝正统的官方思想。
朱熹的学说被尊为当时的“法典”，他所注的《四书》成了科举考试乃至全国各书院的教材。
康熙的南书房词臣朱彝尊就说过，当时的社会风气是要求“非朱子之传义不敢言，非朱子之家礼不敢行”。整个中国社会上思想界逐渐被拘禁在朱熹的理学之中。
康熙潜心研究理学的目的终于达到了。
但是康熙尊崇程朱，并非真心信服，不过是种权宜，想利用理学“以钳天下之口，以避狄夷之称而已”(《清朝全史》)，康熙本人对理学的确不当做死守的教条，从不字字照办，比如在对待战争的态度上，朱熹在晚年就主张苟安偷生，反对抗金。清朝时的理学家也是如此。
三藩叛乱时，魏象枢提出“不烦用兵，抚之自定”，主张与吴三桂议和；收复台湾时，李光地提出“隔海难守，指明与红毛为可”，从侧面反对出兵。
但是康熙没有采纳他们这些儒臣意见，他在军事方面更多的是满洲女真的观念，直接出兵平叛，使政权得以巩固。
在认识论上，康熙更是反其道而行之。康熙曾与讲官叶方霭讨论过知与行的关系，对朱熹的认识论明确表示怀疑。
康熙对朱熹认识论的怀疑，主要表现在对“格物致知”的看法上。“格物致知”是中国哲学史上认识论方面一个长期争论的问题。理学家认为，“物”就是先天的“理”的直接体现，“格物”就是通过端正自己的伦理行为，而获得先天存在的“天理”和“良知”。
