万历十四年一月，郑贵妃也给万历皇帝生下了一个皇子，起名朱常洵。
这时候，朝中的大臣们纷纷上书，希望万历皇帝尽快将长子朱常洛立为太子。
因为将长子立为继承人，是我国封建王朝几千年流传下来的规矩，但是此时的万历皇帝心中的太子人选并不是朱常洛，而是郑贵妃的儿子朱常洵。
但是此时他也不好跟群臣对着干，只好回复：立太子这事儿不着急，毕竟孝端皇后还没有生下过儿子，所以我们再等两三年吧。
没过几天，宰相申时行再次上书，强调了现在立太子的重要性，毕竟皇帝的位置非比寻常，现在已经有长子朱常洛了，还是赶快把他立为太子比较好。
这一次万历皇帝的回复是：朕览卿等恳请，悉见忠君爱国。朕己知道了，还遵前旨行。
此时的万历皇帝，因为大臣们关于此事的不断进言，心中对王恭妃的情感慢慢变成了厌恶，毕竟他从一开始临幸王恭妃就只是见色起意罢了。
很快，万历皇帝顶着大臣们的压力，将郑贵妃立为了皇贵妃，而生下了皇长子的王恭妃，却被他晾在了一边。
万历皇帝这一举动引发了大臣们的严重不满，甚至有个叫雒于仁的大臣直接写了一篇《酒色财气四箴疏》，文中直接将万历皇帝骂成了一个不理朝政，满脑子酒池肉林的无能昏君。
而这时候的万历皇帝呢？一开始他还为自己辩解一番，到了后来索性管都懒得管了，只要是大臣们关于立太子或者几个妃子的上书，他统统不再批阅。
而这场原本是皇帝偏爱哪个妃子的事情，逐渐演变成了涉及国运之本的立后斗争。
眼看着这场皇帝和群臣的斗争愈演愈烈，身为万历皇帝生母的李太后坐不住了，年迈的她亲自出面劝诫万历皇帝，才终于在万历二十九年让朱常洛坐上了理所应当的太子之位。
虽然这场君臣斗争结束了，可是万历皇帝心里对王恭妃的厌恶却没有结束，即便是朱常洛当上了太子，万历皇帝对王恭妃也没有任何表示，甚至不让他们母子相见。
而后万历皇帝又将王恭妃打入冷宫，要求她对外称病，实际上将她幽禁在了小小的宫中，王恭妃一天到晚除了服侍的下人，什么人都见不到。
万历三十三年，朱常洛的儿子朱由校出生，也就是万历皇帝的皇太孙，万历皇帝为此大赦天下。
这样一来，就算万历皇帝再怎么不想给王恭妃册封，也必须得给她一个正式的名分了。
于是万历皇帝心不甘情不愿的给王恭妃封了皇贵妃，为了解释自己为什么冷落了王恭妃这么久，他还说：“皇太子生母恭妃王氏，先年每欲进封，因帑藏钱粮不敷，恐礼文未备， 是以暂停。”
而可怜的王恭妃，就在这样的冷落和幽禁中，逐渐走向了生命的尽头。
万历三十九年，年迈的王恭妃已经病入膏肓，生命已经如同风中残烛，这个时候，万历皇帝才突然大发慈悲，允许太子朱常洛去见母亲一面。
朱常洛见到母亲的那一瞬间泪流满面，眼前许久没见过的母亲双眼已经瞎了，她仅凭声音就猜到是儿子来看她了，在床上拖着老弱的病体努力的向着门外蠕动。
她一边痛哭，一边说着：“儿长大如此，我死何憾！”
朱常洛见此情景抱着母亲痛哭流涕，他知道母亲已经看不到他了，但是那双浑浊的眼睛里还是充满了一个母亲对儿子的爱。
很快，王恭妃病逝。
直到朱常洛登基之后，才为自己一生凄苦的老母亲追加了册封“孝靖皇后”。
而1958年的考古人员们，拿着那属于皇后的凤冠，想起了清代程嗣章曾为王恭妃写过的一首诗：年长宫人久未封，一朝承宠踞苍龙。慈宫自检《起居注》，且喜生孙暮景逢。
