如今，无论是在国内还是国际上，消费者都觉得西红柿的味道不像以前那么美味和甜美，这意味着西红柿的味道变淡了。有人将原因归结为转基因番茄，因为早在1994年，美国就开发了厚皮转基因番茄用于保鲜，后来又推出了耐盐转基因番茄、抗旱转基因番茄和抗冻转基因番茄等产品。
然而，消费者报告的不是转基因西红柿，而是以传统方式种植的西红柿。这是为什么？根据破译的番茄基因组，研究人员认为他们已经确定了原因，这是一种控制番茄味道的基因突变。如今，西红柿变得越来越美丽，充满活力。也许这些西红柿不如那些有蓝色顶部的西红柿美味，因为它们的含糖量更高，这是由特定基因控制的。
加州大学戴维斯分校的Ann Powell领导的一个研究小组发现，野生番茄和人工栽培番茄的颜色存在显著差异，前者的顶部呈深绿色，后者则没有。因此，他们使用刚刚发布的番茄基因组来研究野生番茄和人工栽培番茄之间的差异。他们将野生番茄与人工栽培番茄杂交，并在番茄的10号染色体上鉴定出一种名为SlGLK2的基因。该基因是一种转录物，可以控制其他基因何时何地开启或关闭。
研究人员发现，SlGLK2基因可以增加野生番茄叶绿体的形成。叶绿体是植物细胞进行光合作用的场所。叶绿体通过自身的叶绿素捕获植物生长所需的阳光。由于野生番茄中叶绿体的丰富，它们的颜色更绿。此外，叶绿体利用它们捕获的光能将二氧化碳和水转化为糖。因此，野生番茄的含糖量高于人工栽培番茄。
随后，Powell等人分析了美国超市销售的12种人工栽培番茄品种，其中一些来自亚洲，一些来自欧洲。奇怪的是，SlGLK2基因发生了变化。通过分析基因序列，Powell等人发现了原因，这是一个碱基序列的变化。研究人员分析了一个基因的碱基序列，发现应该由7个腺嘌呤（a）残基组成的片段只剩下6个腺嘌呤残基。这种单一的遗传密码错误导致SlGLK2基因的突变和失活。
携带SlGLK2基因的西红柿不仅有更多的叶绿体，导致顶部变绿，而且果实中的糖含量也更高。然而，如果SlGLK2基因突变并失去活性，它们的叶绿体就会减少，糖含量也会降低。基于这一推理，研究人员将SlGLK2基因的完整拷贝嵌入番茄中，导致番茄成熟后葡萄糖和果糖的总量增加了40%。同时，具有正常SlGLK2基因的番茄也显示出番茄红素含量的显著增加，番茄红素是一种有益于人类健康的抗氧化剂。Powell等人认为，番茄中较高的糖含量使它们更美味，根本原因是SlGLK2基因在起作用。
尽管美国研究人员提出，SlGLK2基因的失活对于西红柿保持其原始风味至关重要，但其他研究人员对此表示怀疑。因为即使基因决定了番茄的味道，也可能有多个基因在起作用。因此，需要对番茄的12条染色体和35000个基因进行全面的研究和分析，以确定哪些基因在发挥作用，而目前发表的番茄基因组只提供了广泛的信息。
另一方面，包括西红柿在内的许多作物的味道不仅与基因有关，还与土壤、阳光、降雨、种植时间以及收获、采摘、储存和运输的时间和方法等许多因素有关。美国俄亥俄州立大学番茄遗传学家大卫·弗朗西斯认为，在大多数地方，番茄在早期收获时仍然是绿色的，然后储存和运输，在此期间它们会逐渐变红。因此，番茄的味道与这种收获和储存方法有关。
在储存和运输过程中，西红柿可以持续几天到几十天，它们也会经历一个影响淀粉转化为糖的成熟过程。同时，番茄果实中约80%的糖来自叶子，然后转移到果实中。此外，不同的种植方法也可能影响西红柿的味道。例如，野生番茄和温室番茄的味道不同。
除了西红柿的味道，决定其价值的更重要因素是它们的营养。西红柿富含维生素A、C、B1、B2、类胡萝卜素，以及钙、磷、钾、镁、铁、锌、铜和碘等多种元素。它们还含有蛋白质、糖、有机酸、纤维和番茄红素。番茄红素的作用最近受到了足够的重视，因为这种物质可以对抗人体内的自由基，在皮肤表面形成天然屏障，有效防止外部紫外线和辐射对皮肤的损伤，促进血液中胶原蛋白和弹性蛋白的结合，使皮肤充满弹性。同时，番茄红素还具有去除斑点和色素的功能。此外，西红柿中的苹果酸、柠檬酸和糖等物质不仅为人类提供各种营养，还有助于食物消化。每天吃50-100克新鲜西红柿可以满足身体对各种维生素和矿物质的需求。
如今，人们倾向于根据西红柿的圆形、无裂缝、无虫咬、成熟度适中、酸甜可口、肉质厚实来评价西红柿，因为这些西红柿不仅味道好，而且营养价值高。然而，在番茄基因组测序完成后，研究人员可能会逐渐确认其35000个基因中决定番茄各种营养成分、风味、形状和颜色的功能基因，从而培育出在消费者中更受欢迎、更美味、更有营养的番茄。
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