加通湖水闸
从加通湖出湖则需要通过一座由四道闸门组成的船闸，通过三级下降进入与大西洋相水平的航道，之后驶入大西洋，整个运河通行过程完成。
过船就是爬楼梯
由于需要通过繁复的水闸，每次通行都需要耗费至少10个小时，加上等待，会需要更长的时间，比海平面式的运河效率低很多。
巴拿马运河不建成海平面式运河，主要原因是直接打通工程量太大。为了建成运河，法、美两国接力，耗时近20年，耗费约7亿美元，挖了2亿土方，而如果直接挖通两大洋，可能需要挖土方近10亿，这样的工程量在当时是天量，不但进程会更长，死伤和花费也会更多，因此修建水闸式运河更加实际和高效。
其次，运河两侧大西洋和太平洋有20厘米左右的高度差，且两侧洋流涨落潮不同步，会对航道造成扰动和冲击，还是需要建水闸来稳定航道才行。
巴拿马运河
到了现代，随着对海洋科学的进一步研究，人们对生态环境和生物多样性愈加重视，如果直接打通两大洋的话，会改变运河两侧大洋的生物分布，形成未知的生态灾难。就像苏伊士运河一样，从建成至今，已经有逾300种生物从红海迁徙到了地中海，有的甚至发展为当地的优势物种。而巴拿马运河因为有船闸和淡水湖的隔离，影响相对轻微，这也是以后人们重新探讨打通一条海平面运河时，不得不考虑的重要因素之一。
红海入侵，生物从贫瘠的红海顺苏伊士运河迁到地中海还是很容易的
苏伊士运河和巴拿马运河，不仅仅是两条运河航道，它们背后的故事和所造成的影响，更加耐人寻味。
