刘牢之率军在洛涧大破前秦军队之后，退却的前秦军队影响到其后续部队的士气，都认为前秦军队全面败退了，加之刘牢之分兵包抄敌人的部队不停*扰且大喊“前秦军败了”，真格是兵败如山倒哦，想立不世之功的符坚也无法收拾这个局面，只好在亲兵的保护下败逃。
东晋宰相谢安接到前线的捷报，激动得刚进家门就摔了一跤，自己的鞋子被门槛磕掉了，牙齿也被碰掉了好几颗。用万分惊喜形容他高兴的程度一点也不为过。
淝水大战东晋之所以能取得胜利，先锋刘牢之开了好头，立下大功。朝廷除嘉奖外，提拔他担任龙骧将军，并赐爵位。
淝水大战之后，谢玄派刘牢之率军接受符丕投降、大败慕容垂、解救泰山郡......为东晋王朝的势力达到河南、山东、河北一带立下了汗马功劳。
公元三八五年，东晋宰相谢玄病逝，朝廷内部的权力斗争出现了新的格局。一肚子坏水的会稽王司马道子掌握朝权后就露出了狰狞面目，立马伙同宦官王国宝狼狈为奸，操控朝政，卖官鬻爵，极力排斥打击谢氏集团的人。刘牢之的日子越来越不好过，为此心中十分不安。
晋孝武帝司马曜虽然贪图享乐，沉湎酒色，但司马道子如此胡作非为，司马曜还是十分担心王室权力旁落。司马曜冥思苦索，决定采用分权的办法来处理。任命大臣王恭为仆射，套用现在的职级对比，仆射相当于副总理吧，与司马道子共掌朝权，此外任命殷仲堪为大将军，统率部份兵力去镇守荆州，在朝廷外牵制司马道子。
这样相对平安的日子没过多久，司马曜就去世了，其愚笨且不擅谈吐的白痴儿子司马德宗继位，史称晋安帝。司马道子见状更为所欲为，两派的斗争到了白热化程度。王恭为了在朝内站稳脚跟，极力拉拢刘牢之，一直受到司马道子冷落的刘牢之不听家人要他小心的劝告，欣然同意入伙王恭联盟对抗司马道子。
经过王恭和心腹们的一系列幕后策划，皇始二年（397年），刘牢之和殷仲堪承头，以讨伐王国宝为名，在京口起兵勤王。司马道子迫于无奈被迫*了王国宝向刘牢之求和。王国宝死后，司马道子去了一条臂膀，权力大减，而王恭的权力空前增大。
王恭这人表面上对人很和气，实则心机很深，令人难以捉摸。见自己在朝中的威望日隆后，觉得自己的目的达到了，对刘牢之的态度发生了很大的变化，比如以前刘牢之求见，王恭都是起身相迎，告别时起身相送。
现在却是正南其北的高高在上坐着，心安理得地让刘牢之拜见。这副前恭而后倨的表现，令刘牢之自尊心受到很大伤害，真格是越想越不开心，总想寻找机会给王恭过不去，出出心中这口恶气。
后来司马道子去职，由其儿子司马元显接任。司马元显比他老子还会揽权，王恭当然不服，于是故技重演，命刘牢之率军从京口*向建康，以清君侧为名讨伐司马元显。
消息传到建康，朝野大惊，司马元显缺乏军事实力，讲动武完全没辙，但打歪主意却很有一套。他找了一个原北府军的将领、刘牢之的老熟人高素去当说客，策动刘牢之反水。
高素很会做工作。他回忆了两人的旧交情，还提到谢安谢玄已死，此一时非佊一时后说到，你为王恭立下了大功，他对你有何封赏？官不过将军，还要受气。你如投靠司马元显，加官进爵，当朝中的大将军威震天下......何去何从，请将军速断。
听了高素的一席话，刘牢之想到王恭态度的变化，觉得王恭这种人真的是不可信也不可交，于是听从高素的游说决定叛离王恭。
反水的刘牢之一路打进建康，追上逃跑的王恭将其*掉。司马元显也没有失信，把王恭的职位官号全让给了刘牢之，并兼领七个州的军事。刘牢之成了一个响当当的人物。
