朱熹撰《程朱二先生周易下经传义》存卷八，元延祐元年翠岩精舍刻本
朱熹的名声越来越大，按照中国固有传统的弊端，木秀于林，风必摧之，因此他在晚年受到了很多的诬告和打击。庆历元年，韩侂胄为了打击赵汝愚，想办法将赵贬出朝廷，朱熹有意上书替赵辩解，然而弟子们算了一卦，感觉到不对头，于是朱熹烧掉了奏稿，嗣后不久他就提出辞职，如此才免于一场灾祸。庆历二年，叶翥等人上疏，称朱熹所传的道学是伪学，刘德秀则直接说朱熹是“伪学之魁，以匹夫窃人主之柄，鼓动天下，故文风未能丕变。请将《语录》之类尽行除毁。”据《续资治通鉴长编》卷一五四记载：“故是科取士，稍涉义理者，悉皆黜落。《六经》《语》《孟》《中庸》《大学》之书为世大禁。”
而后反道学的浪潮愈演愈烈，监察御史胡纮在奏章中详细列出了朱熹的十大罪状，沈继祖甚至提出要将朱熹斩首，在这种危急时刻，朱熹仍旧坦然，《宋史》本传中称：“日与诸生讲学不休，或劝以谢遣生徒者，笑而不答。”庆历六年，朱熹病逝，而后有人提出奏议，禁止弟子们送葬，即此可知，朝中的有关势力对朱子一派的打击是何等的不遗余力。
然而，在朱子去世后的第九年，皇帝对他的态度有了一个大转变，他被赐谥为“文”，因此朱熹被后世尊称为“朱文公”。又过了18年，到了宝庆三年，理宗下诏：“朕每观朱熹《论语》《中庸》《大学》《孟子》注解，发挥圣贤之蕴，羽翼斯文，有补治道。朕方励志讲学，缅怀典刑，深用叹慕！可特赠太师，追封信国公。”他被封为了信国公，而后又改封为徽国公，皇帝还召见了朱熹的儿子进行安慰。
到了淳祐元年，理宗又下了一道诏书：“朕惟孔子之道，自孟轲后不得其传，至我朝周敦颐、张载、程颢、程颐，真见力践，深探圣域，千载绝学，始有指归。中兴以来，又得朱熹，精思明辨，表里浑融，使《中庸》《大学》《论》《孟》之书，本末洞彻。孔子之道，益以大明于世。朕每观五臣论著，启沃良多。其令学宫列诸从祀，以示崇奖之意。”
朱熹撰《楚辞集注》八卷，明刻本
此诏书第一次确定了朱熹在中国儒学史上的地位，由皇帝确认朱熹成为了孔孟正统的传人，自此之后，朱子从祠孔庙。而到了咸淳五年，皇帝下诏将朱熹的故里婺源赐“阙里”之名，而阙里是孔子的故乡，这就等于说，皇帝已经把朱子抬高到了跟孔子同样的高度。
到了元延祐年间，皇帝下令，重新恢复科举考试，并且规定以朱熹所撰的《四书集注》为标准教科书，从此直到清末，朱子的这部著作一直是科考的出题范围。朱元璋建立了明朝，在当上皇帝的第二年就下令开始科考，并颁布了12项条款，其中的第一条就是讲到要以四书、五经为标准读本。
进入了清代，康熙皇帝玄烨命令大学士李光地等人编纂《朱子全书》，玄烨亲自为该书作序，他在序言中高度地赞扬了朱子在中国学术史上的地位：“至于朱夫子集大成，而绪千百年绝传之学，开愚蒙而立亿万世一定之规，穷理以致其知，反躬以践其实，释《大学》则有次第，由致知而平天下，自明德而止于至善，无不开发后人，而教来者也。”
