明末清初又有一批中国人因为躲避战乱前往南洋定居。1840年鸦片战争后中国被强行打开国门。这时西方殖民者统治下的南洋地区正处于加速开发过程中，因此对劳动力的需求量非常大。当时英国统治下的新加坡、槟城、马六甲等地为吸引华工先后推出一系列优惠政策。在这种背景下又有一大批中国人来到南洋务工。随着华人与当地土著居民的不断融合就使得峇峇娘惹这个群体日渐发展壮大。
峇峇娘惹作为华人与当地马来人通婚融合的后代在文化上也兼具中华文化与马来文化的特点。峇峇娘惹使用一种叫做峇峇马来语的混合语言。这是一种由闽南语和马来语融合形成的语言。这种语言兼具汉语和马来语的特点，但又与纯粹的汉语或马来语有所区别。峇峇马来语一般只在族群家庭内流通，而在族群家庭之外则无法使用。除了语言之外峇峇娘惹服装、饮食等方方面面也都兼具中华文化和当地文化融合的特色。
峇峇娘惹作为华人与当地土著通婚融合的后代一方面还保留着中华文化特色，但另一方面在生活方式上已高度东南亚本地化。在语言、服装、饮食等方方面面都呈现融合特色的峇峇娘惹相对于说汉语、吃中国菜的东南亚华人有了自己的族群特色。由于他们是华人与土著通婚的后代，所以那些说汉语的华人一般不认为峇峇娘惹属于华人群体，而当地的土著居民也认为峇峇娘惹和自己是不一样的。
早期的峇峇娘惹常在华人与当地人之间充当协调者角色，因此华人和当地土著都对他们比较尊重。峇峇娘惹继承了华人祖先敢闯敢拼勤劳刻苦的秉性，同时又能完美融入到当地生活中。因此早期的峇峇娘惹在南洋的经济地位、社会地位都相对比较高。后来西方殖民者出于统治需要在华人、峇峇娘惹、马来土著之间故意制造矛盾。峇峇娘惹作为夹在华人与马来人之间的一个小众族群因此开始遭到排挤。
