在这样的背景下马来人逐渐不愿再与峇峇娘惹通婚。从此以后峇峇娘惹只能与华人通婚或与有峇峇血统的人家通婚。1963年9月16日英国统治下的马来半岛十一州、沙巴州、砂拉越州、新加坡等地组成了马来西亚。这场结合从一开始就潜伏下了分家的种子：新独立的马来亚联合邦是一个多元种族社会——马来人和非马来人几乎各占一半。74.2%左右的人口新加坡人加入马来西亚后直接改变了马来西亚的种族结构。
马来西亚的独立是在东姑阿都拉曼领导的巫统奋斗下实现的，于是巫统成为了独立后的马来西亚的执政党；新加坡的执政党则是李光耀领导的人民行动党。1963年由巫统、马华和国大党组成的联盟党在中央政府的支持下参加了新加坡州选举。在新加坡州的选举中联盟党不仅未添一席，而且连原有的三个选区也被人民行动党夺取。一时间在马来西亚国内“马来人至上”和反种族主义两种呼声针锋相对。
1965年8月9日以巫统为首的执政联盟在国会紧急通过修改宪法后以126票赞成、0票反对将新加坡驱逐出马来西亚。新加坡从马来西亚独立出来后致力于建设一个多元族群多元和谐统一的社会。在新加坡这个以华人为主的国家里马来人、印度裔以及其他族群都能平等和谐共处，更何况本就有华人血统的峇峇娘惹这个族群在新加坡就更不会遭到排挤了。峇峇娘惹文化在新加坡得以相对比较好地保存下来。
峇峇娘惹在新加坡总人口中只占2%左右，但新加坡一直注重保护发扬峇峇娘惹文化。2008年新加坡新传媒电视公司制作了名为《小娘惹》的华语电视剧。在新加坡得到保护的峇峇娘惹文化也成为了一种特色旅游资源。相比之下马来西亚的峇峇娘惹文化资源更多，但马来西亚对峇峇娘惹文化的保护和开发力度明显不如新加坡。现在有些人一谈到“娘惹”这个概念就首先想到新加坡，而在第一时间想到马来西亚的人可能就没那么多了。
