日版的新增结局插图
其实坂本贺勇最初只想担任《银河战士：融合》的顾问，仅负责企划书和剧情大纲，剩下的工作全部交给手下，然而开发团队的大量新人让坂本无法放心，他被迫亲自担任导演拍板，本作的开发过程也成了培养新人的过程。
主机方面，任天堂的新平台NGC性能远超N64，可以实现理想的3D画面，但这一切对人手有限、专注于掌机开发的任天堂第一开发部而言依然是遥不可及的目标。NGC主机上的美版《银河战士：Prime》和美版《银河战士：融合》同日发售，视角则变为第一人称。《银河战士：Prime》的开发外包给了美国公司Retro Studios，坂本贺勇承认自己“晕3D”，他的体质并不适应3D化的第一人称，《银河战士：Prime》的开发他参与不多，仅作为顾问保证剧情和系统大体上没有违背系列世界观。
第一人称视角的《银河战士：Prime》
坂本贺勇此时的开发重心依然是掌机，《银河战士：融合》发售后，团队内部有人提议将《超级银河战士》移植到GBA平台，坂本认为单纯的移植缺乏新意，他选择用GBA的机能复刻FC初代《银河战士》，于是便有了2004年发售的《银河战士：零点任务》。
《银河战士：融合》在剧情和地图结构方面成了系列的异类，这些变化都是为了降低新玩家的门槛，而《银河战士：零点任务》作为GBA上的第二款系列作品，风格其实较为传统。本作依然采用插图描绘剧情的方式，不过文字描述大幅减少，让玩家用自己的想象力体会剧情。
地图回归传统的《银河战士：零点任务》
关卡方面，《银河战士：零点任务》也回归传统，地图结构更加自然，闸门数量变少，给玩家留下了更多探索空间。本作的流程提示系统比较简洁，玩家只能得到一个大致的坐标，而非《银河战士：融合》那般事无巨细的提示。本作的“破序过关”（指玩家绕开引导的流程自行摸索路线）技巧比《银河战士：融合》更多，100%收集率通关对操作的要求也更高。不过，本作的流程也短，Boss战难度比较弱，算是白璧微瑕。
《银河战士：零点任务》的创新元素更进一步，萨姆斯在游戏后期一度失去了强化服能力，仅剩一套蓝色的“零式紧身衣”和一把小小的电击枪。这段新增流程逼迫玩家通过潜入手段回避敌人，成为本作的最大特色。“零式萨姆斯”造型后来被“任天堂全明星大乱斗”系列收录，成为了可选角色。
两款GBA作品各具特色，二者究竟孰优孰劣，成为玩家争论至今的话题。
“零式萨姆斯”的潜入剧情
探索未来
坂本贺勇以两款佳作为“银河战士”系列在GBA平台的旅途画上了句号。看到《银河战士：Prime》获得成功后，他意识到3D化的潮流不可阻挡。Xbox版《忍者龙剑传》也给了他启发，尽管这是一款高速3D动作游戏，然而坂本贺勇并没有产生眩晕的感觉，他对第三人称视角的接受程度远好于第一人称。坂本贺勇联系了《忍者龙剑传》的开发组Team Ninja，将2010年发售的Wii游戏《银河战士：另一个M》外包了出去。
尽管本作是外包开发，坂本贺勇依然保留了制作人、导演和编剧这三大岗位，参与程度远高于《银河战士：Prime》。在视角方面，本作探索了各种方案，其中包括传统的2D横板视角、类似《生化危机4》的背后视角和斜45度的鸟瞰视角。玩家可以切换到第一人称视角发射导弹，不过无法在第一人称视角下移动，这样的设计也是为了避免“晕3D”。
