在之后相当一段时期内琉球王国一直与日本萨摩藩的岛津家族就奄美群岛展开争夺。尚德王在征服喜界岛3年后撒手人寰，迄今为止关于尚德王的死因仍众说纷纭，不过较为普遍的观点认为他应该是死于权臣的阴谋暗*。尚德王死后琉球随即爆发内乱，尚德王的两个儿子均在内乱中被*死。1470年伊是名岛出身的宫中御锁侧官（管理财务的宫廷官员）内间金丸（一称金圆）被群臣推举为君，金丸出于政治上的考虑对外宣称自己是尚氏王朝的后裔并改名为尚圆。
1471年尚圆以尚氏王朝世子的身份向宗主国明朝报告“父丧”，次年明朝使臣抵达琉球并册封尚圆为琉球国王。至此琉球国名义上仍处于尚氏王朝的统治下，但实际上这时的琉球王室与之前的尚氏王族并无直接的血缘传承关系，因此后世一般将其称为第二尚氏王朝以与第一尚氏王朝区别。1500年琉球王国出兵迫使距离琉球本岛西南方向303公里外的宫古岛称臣纳贡。1507年久米岛主动臣服于琉球国。1509年琉球派遣46艘战船和3000人马进攻八重山群岛并相继占领了西表岛、石垣岛和与那国岛。
明嘉靖元年（1522年）琉球国第二尚氏王朝的尚真王将势力扩张到宫古岛、八重山群岛，基本确定了琉球南部的版图。1537年尚清王率军北伐攻取奄美群岛。至此琉球王国横亘于中国台湾岛和日本九州岛之间，疆域北起奄美大岛、东到喜界岛、南止波照间岛、西界与那国岛，蜿蜒1000公里，总面积约3600平方公里。琉球王国的政治典章制度、衣冠服饰、法律法规几乎都仿照明王朝而创设，和当时的朝鲜、越南等东亚汉字文化圈的国家一样的是：琉球王国以汉字作为官方文字。
琉球王国的国都首里城仿北京紫禁城而建，在其王宫之前以中国的牌坊为原型混合中国唐代建筑的风格和琉球的传统手法而建的守礼门至今被视为琉球建筑的典型代表，守礼门上挂有以汉字书写的“守礼之邦”匾额。整个有明一代琉球始终作为一个恭顺的藩属国的存在，明清易代后琉球继续称臣于清王朝，康熙二十二年（1683年）琉球王尚真曾获得康熙皇帝御笔钦赐的“中山世土”匾额并将其悬挂于王宫正殿。琉球王国通过与中国的宗藩关系从中国获得大量的物资供应。
