与此同时琉球还发展成为了锁国状态下中国的海上对外贸易“总代理”。琉球的船只不仅往来于那霸与福州之间，还北上日本、朝鲜，南下安南、吕宋、暹罗、亚齐、爪哇、满剌加等，足迹遍布整个南洋群岛，琉球也因为海外贸易的发达而被誉为“万国津梁”。由于得天独厚的地理区位，琉球很快发展成为明王朝同朝鲜、日本、东南亚乃至此时东来西洋势力之间的贸易中转站并因此积累了丰厚的财富。也正因为如此使琉球招来了恶邻的觊觎之心。
15至16世纪琉球就不断遭到大量倭寇海盗的*扰，这对琉球国的海外贸易造成了很大损失。事实上觊觎琉球的并非只有作为乌合之众的倭寇海盗，此时日本九州地区的诸侯大名们也纷纷打起了琉球的主意。明万历三十七年（1609年）日本萨摩藩领主岛津家入侵琉球，在萨摩入侵的过程中琉球人民进行了自发的抵抗并诞生了琉球历史上一位抗击外来侵略的英雄人物——郑迥：他是福建长乐移民郑肇祚的后裔，1540年出生于琉球国久米村的郑氏湖城殿内家族里，1606年57岁的郑迵被任命为三司官。
当萨摩军队进犯那霸港时郑迵据守那霸港附近的三重城，然而最终寡不敌众。郑迵和琉球国王尚宁王等人都成为了萨摩军队的俘虏并被虏至鹿儿岛。1611年萨摩藩主岛津忠恒强迫尚宁王签署了《掟十五条》：承认萨摩藩对琉球的控制。同时将奄美五岛（即喜界岛、德之岛、奄美大岛、冲永良部岛和与论岛）划归萨摩藩直辖。此外琉球还必须遣使谒见日本幕府将军。对此郑迵给予了严词拒绝和厉声斥骂，恼羞成怒的岛津忠恒下令将郑迵投入油锅烹煮。
琉球人为纪念郑迵而将这一事件记载在了他们的国旗上。这是一面类似太极图的旗帜,在琉球叫做“三巴纹”——所代表的正是郑迥和将其投入油锅的两名狱卒。在签署《掟十五条》之后无论是当时实际统治日本的德川幕府或是作为半独立政权的萨摩藩尽管将自己的势力成功扩张到琉球，但还是默许了琉球作为独立国家存在的事实。这主要是考虑到琉球同中国的特殊关系，如果日本方面执意吞并势必将再次引发像万历年间的朝鲜战争类似之事。
