从此琉球进入到同时向中国明朝和日本萨摩藩称臣进贡的两属时期，每当接待中国使者时琉球总是要将同日本相关的一切藏起来。就这样忙于内部问题的中国方面竟一直对萨摩已迫使琉球称臣一事蒙在鼓里。当中国发生了明清易代之后琉球作为之前明朝的藩属国仍向清朝称臣朝贡，中国和琉球之间的宗藩关系仍继续维持着。这时的日本还无力挑战中国作为东亚第一大国的地位，所以对中国和琉球之间的宗藩关系也并没试图抵制。不过日本仍暗中加强了对琉球的控制力度。
1632年（日本宽永九年）萨摩岛津氏在琉球那霸设立“在番奉行”，以监视琉球内政和监督贸易和进贡。1853年5月美国海军准将佩里的舰队首次到达琉球。1854年3月佩里又到达了日本江户（今东京），在美国炮舰的威胁下日本被迫签订《神奈川条约》，在签订过程中佩里要求日本开放琉球的那霸港。对此日方表示：琉球是独立的主权国家，日方无权决定其港口开放权。这表明至少在1853年日本仍承认琉球系独立自主的国家，而不是隶属于日本。
1854年7月11日佩里又与琉球政府以中英文两种文字签订了开放那霸港口的《琉美修好条约》。《琉美修好条约》的签订足以证明当时日本和美国都承认琉球为独立国家。1871年12月19日一艘琉球国船只在海上遭遇风浪被吹到中国台湾的牡丹社土著居住地。由于双方语言不通，结果这群琉球漂流民被牡丹社居民当成入侵者*死，有几人侥幸逃到了台湾汉人聚居的地区后被保护了起来。清政府在对幸存者进行抚恤后派船送他们返回琉球。
按说这件事本该就这么过去了，然而日本方面却趁机插手了。日本以琉球向萨摩藩称臣纳贡为由宣称琉球为日本领土，于是提出台湾土著*害琉球漂流民的行为是对日本国民的伤害，日本据此向清政府提出索赔要求。清政府方面认为：台湾系中国领土，琉球为中国属国，朝廷已对双方的摩擦进行了妥善处置，实在没必要对日本有所交代。1874年日本以日本国民遭台湾土著*害为由入侵台湾。日本这次侵台最终以与清政府达成和议而告终。
